Kuinka jatkot kootaan telineiksi?

2024 Kirjoittaja: Miles Stephen | [email protected]. Viimeksi muokattu: 2023-12-15 23:35

Genomiluonnosta luotaessa yksittäiset DNA-lukemat ovat ensin koottuna jatkumoiksi , jotka niiden luonteen vuoksi kokoonpano , niiden välillä on aukkoja. Seuraava askel on to sitten silta näiden väliset kuilut jatkuu luo rakennusteline . Tämä voidaan tehdä käyttämällä joko optista kartoitusta tai mate-pair-sekvensointia.

Vastaavasti saatat kysyä, mitä ovat kontigit ja rakennustelineet?

A rakennusteline on genomisekvenssin osa, joka on rekonstruoitu loppusekvensoiduista koko genomin haulikkoklooneista. Rakennustelineet koostuvat jatkumot ja aukkoja. A contig on genomisen sekvenssin jatkuva pituus, jossa emästen järjestys tunnetaan suurella luottamustasolla. Joissakin tapauksissa, rakennustelineet voi mennä päällekkäin.

Lisäksi mitä on contigs bioinformatiikassa? A contig (vierekkäisistä) on joukko päällekkäisiä DNA-segmenttejä, jotka yhdessä edustavat DNA:n konsensusaluetta. Jatkoa voi siten viitata sekä päällekkäiseen DNA-sekvenssiin että päällekkäisiin fyysisiin segmentteihin (fragmentteihin), jotka sisältyvät klooniin kontekstista riippuen.

Miten jatkot kootaan tässä suhteessa?

DNA-fragmenttien päällekkäisten DNA-sekvenssien sarja tunnetaan nimellä a contig . Contig kartoitus on prosessi, jolla päällekkäiset kloonit ovat koottu jotta päällekkäisyys järjestyisi. Tämä sisältää järjestämisen jatkumot järjestyksessä ja suunnassa. Klooni jatkumot voi olla automaattisesti koottu käyttämällä BAC-pään sekvenssejä.

Miksi jatkot ovat tärkeitä?

Contig kokoonpano on tärkeä vaihe genomin kokoamisessa. Kartoitusta varten päällekkäiset kloonit kootaan sekvensoimaan, jotka menevät päällekkäin. Jokainen fragmentti kloonataan vektoriin ja sekvensoidaan molemmista päistä noin 600–700 bp:n sekvenssin pituuden tuottamiseksi. DNA-fragmentin molemmista päistä tulevaa sekvenssiä kutsutaan paripääksi.